Tiếng Việt có nhiều từ đồng âm, bộ phận từ Hán Việt trong tiếng Việt cũng không phải là ngoại lệ. Hiện tượng đồng âm trong từ Hán – Việt khá phổ biến vì ngay trong tiếng Hán đã có nhiều chữ đồng âm. Ví dụ:

• Chữ "phi" 飛 có nghĩa là "bay" đồng âm với chữ "phi" 非 có nghĩa là "không, không phải".
• Chữ "lưu" 流 có nghĩa "trôi chảy" (trong từ 流程 lưu trình), chữ "lưu" 留 có nghĩa "ở lại" (trong từ 留學生 lưu học sinh).

Tuy nhiên, có một số chữ trong tiếng Hán là đồng âm nhưng lại có âm Hán Việt khác nhau. "Đồng âm" ở đây có thể là đồng âm từ thời điểm chúng được tiếng Việt vay mượn cho đến hiện tại hoặc hiện tại thì đồng âm nhưng ở thời điểm được tiếng Việt vay mượn thì chúng lại khác âm hoặc ở thời điểm được tiếng Việt vay mượn thì đồng âm nhưng nay lại khác âm, đồng âm trong tất cả các phương ngữ của tiếng Hán hoặc chỉ đồng âm trong một số phương ngữ của tiếng Hán, còn các phương ngữ khác thì không. Ví dụ như chữ "ngư" 魚 có nghĩa "con cá" và chữ "dư" 餘 có nghĩa là "thừa" trong tiếng phổ thông Trung Quốc là hai chữ đồng âm, chúng cùng được đọc là "yú" (âm đọc được ghi bằng bính âm).